В самой Москве злонамеренные люди уже через несколько дней после убиения Самозванца говорили, что Димитрий опять спасся от руки убийц. Вне Москвы слух об этом принимался с еще большим доверием, и прежде всего против Шуйского поднялись северские города, которые первые и встали раньше на Самозванца. Во главе многочисленных шаек, образовавшихся там, стал беглый холоп Болотников, который хотел поднять всех беглых холопов и всяких гулящих людей не только против царя Василия и бояр, но и против служилых и торговых людей. Грабя и разоряя все на своем пути, шайки эти двинулись к Москве. К ним присоединились ополчения служилых людей из Тулы и Рязани. Рязанские дворяне возмущены были тем, что Шуйского на престол посадила одна Москва, без совета с другими городами. Во главе с дворянином Прокопием Ляпуновым они шли восстанавливать законный порядок, нарушенный московскими боярами. Понятно, что холопы и дворяне имели совсем различные желания, и поэтому Ляпунов со своими рязанцами вскоре отстал от воровства (так в то время называли всякую измену, всякое возмущение), бил челом царю Василию и получил прощение. Между тем по городам царь рассылал грамоты, где говорилось, что он по праву избран на царство, что Лжедимитрий был расстрига, истинный же царевич Димитрий погиб от руки Бориса в Угличе. Однако таким грамотам народ мало был склонен доверять: Василий Шуйский совсем другое говорил в год смерти царевича Димитрия. Тогда царь Василий решился на новую меру, которая должна была, по его мнению, прекратить все толки о том, что истинный Димитрий жив. Уже несколько лет гроб с останками царевича в Угличе привлекал благочестивых людей, которые получали от него исцеления. Царь, посоветовавшись с патриархом Гермогеном, решил перенести мощи царевича в Москву. За ними в Углич был послан митрополит Ростовский Филарет. Во всех городах св. мощи встречали с великим благоговением. В Москве они были поставлены в Архангельском соборе, где покоятся и поныне. В ту пору шайки Болотникова подошли к самой Москве; город, по словам современников, был в великом утеснении. Но в Москве в это время некий благочестивый муж обнародовал послание о том, что он в Успенской церкви видел Божию Матерь, умолявшую Спасителя пощадить Москву, если москвичи покаются. Жители наложили на себя строгий пост с 12 по 19 октября, и, действительно, вскоре явилась помощь из Смоленска и с севера. Болотников должен был бежать в Тулу, где его осадили царские войска. Благодаря военному искусству Михаила Скопина-Шуйского, двоюродного племянника царя, Тула была взята, Болотников был отправлен в ссылку, где его утопили, а воры, бывшие с ним, или казнены, или разогнаны. Казалось, государство могло теперь отдохнуть и успокоиться. Но освободились от одного врага явился новый. В той же Северской Украине, в городе Стародубе какой-то человек объявил себя спасшимся от смерти царем Димитрием. Этот второй Самозванец был уже такой явный обманщик, что почти никто ему не поверил; однако многие к нему пристали или по ненависти к Шуйскому, или из желания погулять вволю и поживиться на чужой счет среди всеобщего развала. Ополчения нового Самозванца, которого попросту стали называть Вором, быстро росли по мере приближения их к Москве. Однако взять Москву ему не удалось, но и царю Василию не было возможности разбить Самозванца, который стал укрепленным лагерем в селе Тушине, всего в 12 верстах к северо-западу от Москвы. Вскоре в Тушино к нему явилась значительная помощь: пришел из Литвы знатный пан Ян Сапега с 7 000 поляков и казаков. Он привез и Марину с отцом ее: их Шуйский отправил на родину с другими поляками, но они попались в руки казаков, сторонников Вора. Марина забыла свою польскую гордость и согласилась признать безвестного бродягу своим мужем. Спустя некоторое время у Марины родился сын, которого по отцу стали называть Воренком. Многие города, лежавшие к северу от Москвы, не имея сил сопротивляться Самозванцу, стали принимать воевод и начальников от него. В самой Москве нашлись князья и бояре, которые отъезжали в Тушино, признавали Вора своим государем, а затем, побыв там и получив поместья или деньги, опять возвращались в Москву к царю Василию, били ему челом, говорили, что отстали от измены.